農村商業銀行作為鄉村振興戰略的金融支持力量，在鄉鎮經濟發展和穩定金融供給方面發揮“穩金融”的積極作用。在新時代的背景下，農業商業銀行發展面臨巨大的挑戰。因此，加強農村商業銀行內部控制顯得尤為重要，建立科學嚴密的內控機制，正確處理好防控與發展的關系，是確保農信社安全有效運行的關鍵。但在實際工作中農商行內部控制建設上仍存在一些問題。
思想認識不到位。銀行的內部控制一直都不被人們重視，直到很多問題頻發后，大家才逐漸意識到銀行內部控制的重要性，農商行由于自身制度以及薪資規則，大多重視業績，而忽視了內部控制的作用，同時其內部控制存在雷聲大、雨點小的問題，上級與下級之間的溝通和認知程度不對稱，很難真正做到整體一致的協調。
執行力不夠強。雖然農商行一些內控制度文件制定了，也下發了，但是卻少有人員執行。一方面基層網點的存貸業務以及其他業務在辦理過程中不太容易，繁重的工作讓銀行工作人員沒有時間和精力去執行內部管理制度。另一方面由于內部控制具有滯后性，短時間并不能看出有什么具體的影響，加上沒有實行獎懲機制，執行力自然打折扣。
內控制度不全面。由于農商行對于其自身內部控制的認識不夠全面，造成的結果是制定的內部控制制度不完善，對于實際工作的指導性很弱，農商行具體的實際業務并沒有一些詳細的規范和指導。
因此，加強農商行內部控制建設，是農商行實現可持續發展的前提和基礎，也是當前新形勢下亟需解決的當務之急。
制度要完善。要始終把制度建設作為一項基礎工作來抓，始終堅持“業務開展，制度先行”的理念，自上而下的發出號召，讓員工多跟領導說問題，敢于跟領導提意見，提的不好不批評，反映真實有效的要獎勵，將制度的建立、梳理、修訂作為一項常態化的工作來抓。一是對新開辦的業務或是創新業務，必須建立規范此項業務的規章制度，做到業務發展有章可依；二是對原有的但在執行中有漏洞或已不適應業務發展的制度，及時進行修改完善，使之與業務發展相匹配；三是將各項制度整編成冊及時發放到員工手中，為業務發展提供制度保障。
關鍵在落實。在現代管理中，有人稱成功30%在于戰略，70%在于執行，如果沒有執行那么就是紙上談兵。即喊破嗓子，不如干出樣子。一是要加強學習，積極開展各類教育培訓活動，使全員對各項法律法規、規章制度有充分的認識，深刻的理解引導員工增強法制意識、規則意識，由“要我執行制度”轉變為“我要執行制度”。二是從監督檢查入手，狠抓制度執行力建設，充分發揮稽核審計的作用，實行突擊檢查、非現場檢查等多種方式，加大對重要崗位、重要環節、敏感部位的檢查力度、頻率，防范操作風險。三是建立問責機制，責任追究到位，做到發案必查、有案必報、查必問責、有責必究。做到經濟處罰、組織處理和政紀處分同步，維護規章制度的嚴肅性，保障業務快速健康發展。
執行要公正。一是要從高層做起，各級管理者要切實加強自身道德修養，不斷提高職業素養，帶頭遵守法律法規和行為準則，做好表率，身體力行，不搞特殊化。二是堅持言傳與身教相結合，變“我講你聽”居高臨下式的單向灌輸為雙向互動、平等交流，及時發現并有效處置問題，使各項管理措施達到“件件有落實，樁樁有回聲”。三是強化獎懲機制建設，研究制定專項獎懲機制，并嚴格落實。嚴肅獎懲，對平時業務工作中兢兢業業，嚴格按照各項操作規程辦理的，大張旗鼓給予表彰獎勵；對監督檢查中發現的違規單位和個人，要嚴格按照規章制度落實懲處。
